隐睾症的睾丸在出生六个月後，电子显微镜下即可发现不正常的变化;在一岁以前，正常下降睾丸与隐睾的造精细胞数量约略相等;但是两岁之後隐睾的造精细胞数量明显减少，有五分之一的隐睾已经丧失造精细胞;到了成年期，大概所有的隐睾的造精细胞都已经消失了！另外，两侧隐睾之不孕机率远高於单侧隐睾。
过去，多数的专家认为应该在一岁至两岁之间施行手术，将未下降之睾丸拉至阴囊内，这就是睾丸固定术。现在有许多人基於电子显微镜下的不正常的变化，认为应提早到六个月大就手术。这个手术是在患侧腹股沟做一个横向切开，由此伤口找到睾丸、血管与输精管，再将血管与输精管外围之腹膜与结缔组织剥离，此时血管与输精管的长度变长，使得睾丸有足够长度可以顺利带入阴囊。此时在阴囊做另外一个切口，将睾丸固定於阴囊内。
腹腔内隐睾症患者，由於睾丸深藏腹腔内，因此必须将腹腔打开找睾丸，传统手术伤口较大，破坏也多。腹腔镜的应用避免了此一问题。腹腔镜可在腹腔内将血管与输精管外之腹膜与结缔组织剥离，使血管与输精管长度足够带到阴囊。目前是腹腔内隐睾症之最佳手术选择。另外有少数人其实睾丸已经退化萎缩，外观一如普通隐睾症患者。触诊或是其他检查也是察觉不到睾丸，快速的腹腔镜检查可以避免徒劳无功而且耗时的腹股沟或是腹腔探查手术。
除了手术外，也有人用荷尔蒙来治疗隐睾症。其中较常用的是脉络膜亲生殖腺素 （human hCG） 或 LH-RH鼻喷剂。其作用方式不外乎刺激睾丸下降，可惜成效只有10%不到。所幸睾丸固定术在有经验的医师处理下成绩还算理想，大部分病人只需门诊手术不用住院。伤口照顾也很简单，约一周可恢复。手术後一个月内只需避免剧烈运动以免伤口出血受伤。日常生活起居一如往常。少数腹腔内隐睾症患者，因为需将腹腔打开找睾丸，这类病人才必须住院。
隐睾症可能发生的其他後遗症包括了睾丸恶性肿瘤、疝气、与因为少了睾丸所引起之心理异常。虽然隐睾症引起睾丸恶性肿瘤的机率很低﹝低於0.1%﹞，但是相较於正常下降睾丸之罹病率仍然高了二十到四十倍，而腹腔内隐睾有更高比例引起睾丸恶性肿瘤。这些肿瘤通常在三十岁之後才发病。有研究显示较早接受睾丸固定术者，似乎有较低之睾丸恶性肿瘤罹病率，而较晚才接受睾丸固定术者，睾丸恶性肿瘤罹病率就与不接受手术者没有差异了。因此睾丸固定术可能对减少睾丸恶性肿瘤有一定程度的帮忙。
合并疝气的隐睾症也不少见。由於疝气可能会造成嵌顿（即肠子卡在腹股沟，造成血液循环受阻），因此必须愈早手术解决愈好，因此一但有合并疝气的隐睾症，两者必定同时解决，而手术时机也可能因此而提早。因为隐睾症造成阴囊外观异常所造成的心理困扰，有可能在大一点的小朋友发生，因此睾丸固定术不但能治疗生理问题，也可能对此类心理问题有帮忙。有人认为将睾丸固定到阴囊可以避免睾丸在鼠蹊部较容易受外力伤害的问题。
总之，睾丸固定术对隐睾症而言，有几个好处：可能减少不孕症的机会，也可能减少睾丸恶性肿瘤罹病率，它可以解决合并发生的疝气，对隐睾症造成阴囊外观异常所造成的心理问题有帮忙。但是不要忘记，这些好处在六个月到二岁之间手术才有。早期发现，早期诊断仍是避免後遗症的不二法门。
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