阴茎短小与遗传、肥胖等有一定关系，还有一些人是后天外伤等原因造成的。先天性阴茎短小一般都可以借助手术来改善。这个手术其实并不复杂，只要切断部分牵制阴茎深浅的韧带，将原先隐匿在体内的一段海绵体拉出来一点，同时把阴囊再向移就可以了，创伤小、没有痛苦、时间短、恢复快，效果显著。
其实，真正的小阴茎极少。小阴茎一般是指到成年后阴茎还像孩童一样，不能充分勃起，睾丸发育不良。形成小阴茎的原因，有些是先天性的，主要与妊娠后第6~9个月期间雄性激素分泌不足有关;有些是由于疾病引起的，如下丘脑或垂体的异常、睾丸异常、染色体异常等。
我国学者曾调查了1000例正常男子常态下阴茎的长度和周长，其结果是“阴茎在非勃起状态下的长度为4.5~8.6厘米，平均为6.55厘米;最长1例为19.6厘米，最短的为3.7厘米。直径为2.06~3.08厘米，平均为2.57厘米。周长：阴茎中部为7.02～9.42厘米，平均为8.22厘米;阴茎冠部为7.11~9.83厘米，平均为8.5厘米。同时也检测了身高，结果证明，男子身高与阴茎长度之间并无明显的比例关系。
这一调查结果表明：①小阴茎是极少的， 即使常态下长3.7厘米的阴茎，也在正常之列;②民间传说的高大男子阴茎必长、矮小男子阴茎必短的说法是毫无科学根据的。事实上，许多关心自己阴茎大小的男性，其阴茎在生理结构上都是正常的。某些人由于肥胖或阴囊肿胀，阴茎可能显得较小，但这只是一种错觉，并非是真正的小阴茎;某些人的“小阴茎”则可能是由于自己自上而下地观察自己阴茎的结果，倘若也像观察别人那样对着镜子观察一番自己的阴茎，就会发现自己的阴茎变“大”了。这是由于视角不同而引起的视错觉而已。
对于真正的小阴茎患者要尽量了解清楚其发病原因才能对症治疗。睾丸本身有问题的患者，因其根本问题在于雄激素不足，可长期使用雄激素作为替代治疗。用药后多可发现第二性征改善，阴毛、胡须均增多，但生育力不能改善。停药后可能有反复。
睾酮用药时间越早越好，一旦确诊后，就应开始治疗。但诊断时必须首先排除其他病变，特别是青春期延缓，后者不需治疗。儿童期过多使用睾酮可使骨骼融合过早，影响身体发育、长高。原因不明的小阴茎也可试用睾酮治疗。成年男子不要滥用睾酮，最好请专科医生制订治疗计划。
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