附睾具有以下主要生理功能。
1、贮存精子
精子进入附睾后，一般要逗留大19－25天，精子到达附睾尾，如未能及时排出，则先贮存于尾部。由于附睾管腔内的特殊环境，其液体性质偏酸，渗透压非常高，氧含量低、二氧化碳含量高，使精子处于静息状态，以便贮积能量。精子在附睾尾部可存活28天或更久。
2、分泌营养物质，促使精子成熟
附睾分泌功能很强，能分泌甘油磷酸胆碱、肉毒碱、糖蛋白及多种酶，这些物质与精子的代谢、成熟和正常生理功能有关。精子在附睾管内决不是单纯地停留、路过，而是在漫长的旅途中，不断吸收附睾管壁分泌的营养物质，如肉毒碱等，继续发育直到成熟状态。附睾中肉毒碱的浓度可为血液中的500倍。动物实验表明，如果去除附睾管，把输精管直接与睾丸输出小管吻合，经输精管排出的精子不具备受精能力。如果把输精管与附睾始端的1厘米左右处吻合，则排出的精子具有活力和受精能力。这就说明附睾管头部对精子成熟来说是绝对必要的。附睾管分泌的甘油磷酸胆碱与维持附睾尾部的高渗微环境有关，同时也可作为精子在女性生殖道内的能源，因女性生殖道内有一种酶，可将甘油磷酸胆碱分解成乳酸和果糖。
3、免疫屏障作用
附睾本身有一种屏障作用，它可以防止精子进入附睾上皮内，以免发生自身免疫反应。输精管结扎后，这种屏障有可能遭到破坏，于是精子表面的特殊大分子物质（抗原）与机体内的免疫系统相接触，就会发生输精管结扎术后的副反应－－精子抗原的自身免疫反应。简单地说，就是体内产生一种物质（免疫球蛋白或叫抗体），能起到抑制精子活动或杀死精子的作用。
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