阴茎的形成是因为受到胚胎体内的特定的睾丸素的刺激。如果没有该激素，胚胎的生殖器就会发育成女性阴道。从阴茎一直到睾丸的下方，可以看见合并以后痕迹。有些胚胎因为没有完全合并，所以在阴茎下方会有开口。必须要手术修补，不然尿液可能会从阴茎下方流出。
阴茎（penis）可分为头、体和根三部分。后端为阴茎根，藏于阴囊和会阴部皮肤的深面，固定于耻骨下支和坐骨支，为固定部。中部为阴茎体，呈圆柱形，以韧带悬于耻骨联合的前下方，为可动部。阴茎前端的膨大部分为阴茎头，头的尖端有矢状较狭窄的尿道外口（external orifice of urethra）。头后较细的部分为阴茎颈。
阴茎主要由两个阴茎海绵体和一个尿道海绵体组成，外面包以筋膜和皮肤。阴茎海绵体（cavernous body of penis）为两端细的圆柱体，左、有各一，位于阴茎的背侧。左、右两者紧密结合，向前伸延，尖端变细，嵌入阴茎头后面的凹陷内。阴茎海绵体的后端左、右分离，称为阴茎脚，分别附于两侧的耻骨下支和坐骨支。尿道海绵体（cavernous body ofurethra）位于阴茎海绵体的腹侧，尿道贯穿其全长。中部呈圆柱形，前端膨大为阴茎头，后端膨大称为尿道球（bulb of urethra），位于两阴茎脚之间，固定在尿生殖膈的下面。每个海绵体的外面都包有一层厚而致密的纤维膜，分别称为阴茎海绵体白膜和尿道海绵体白膜。海绵体内部由许多海绵体小梁和腔隙构成，腔隙是与血管相通的窦隙。当腔隙充血时，阴茎即变粗变硬而勃起。三个海绵体外面共同包有浅、深阴茎筋膜和皮肤。
阴茎的皮肤薄而柔软，富有伸展性，皮下无脂肪组织。皮肤在头和颈处与深层贴附紧密，其馀部分则疏松易于游离，阴茎皮肤自颈处向前反折游离，形成包统阴茎头的双层环形皮肤皱襞，称为阴茎包皮（prepuce of penis）。包皮的前端围成包皮口，在阴茎头腹侧中线上，连于尿道外口下端与包皮之间的皮肤皱襞，称为包皮系带（frenulum of prepuce）。作包皮环切时，应注意勿伤及包皮系带，以免影响阴茎的正常勃起。
幼儿的包皮较长，包著整个阴茎头，包皮口也小。随著年龄的增长，包皮逐渐退缩，包皮口也逐渐扩大。若包皮盖住尿道外口，但能够上翻露出尿道外口和阴茎头时，称为包皮过长。当包皮口过小，包皮完全包著阴茎头不能翻开时，称为包茎。在这两种情况下，都易因包皮腔内污物的刺激而发生炎症，也可成为诱发阴茎癌的一个因素。
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