有些不孕不育夫妇身体健康，常规的检查也未发现器质性或功能性生殖系统疾病，但就是不能生育。近代的研究发现，这很可能和双方的免疫反应有关。
免疫反应是机体对进入体内的异物的一种防疫反应。如果异物是抗原物质（如蛋白、多肽等），机体就会按着抗原的特性，产生相应的抗体来中和这种抗原，以达到清除体内异物的目的。这就是抗原抗体反应，即免疫反应。如果人体内的某种免疫反应影响了生育能力，则会发生免疫性不孕不育。
影响生育的免疫反应有两类：一类是男方的自身免疫;另一类是女方的同种免疫。
自身免疫是男性精子、精浆等溢出生殖道进入自身的周围组织，造成自己身体的免疫反应，在体内产生相应的抗体物质，影响精子的活力。
人的精液由精子和精浆两大主要成分组成，这两种成分中都含有许多蛋臼质，这些蛋白质都可成为一种抗原。但是由于睾丸中有一种叫“血睾屏障”的结构，可将精子保护于男性生殖道中，防止血液中的免疫细胞与精子接触，所以不会产生免疫反应。另一方面，精浆中又含有一种免疫抑制因子，可以对免疫反应产生抑制，所以精子进入女性生殖道后也不会发生免疫反应。
但当有损伤、炎症、梗阻因素存在时，“血睾屏障”受到破坏或免疫抑制功能发生障碍，致使精子溢出生殖道之外，进入周围组织到血液中，成为一种异物起到了抗原作用，刺激机体的免疫系统产生一种对抗自身精子的抗体来与之中和。所以说，男子免疫性不育是抗精子抗体与精子自相残杀的结果。
由此可见，导致免疫性不孕不育的因素可能来自男方，也可能来自女方，或是来自男女双方。主要的原因是男女生殖道炎症、损伤以及月经期性交和不洁性生活等。
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